El Ciclo Institucional de Teología o Sexenio Filosófico-Teológico comprende un período de seis cursos académicos, estructurados de la siguiente manera:

1. Ciclo Filosófico: Cursos 1º y 2º, con predominio de las materias filosóficas, más algunas de tipo introductorio a la Teología y Ciencias del hombre. En las Lenguas Clásicas se distinguen dos niveles: I-II, para obtener mayores posibilidades de asimilación.
2. Ciclo Teológico: Cursos 3º, 4º y 5º, dedicados al estudio de la Sagrada Escritura, Teología, Moral, Liturgia, Historia de la Iglesia, Derecho Canónico etc... El curso 3º se considera como curso básico y fundamental para el estudio de la Teología.
3. Curso Pastoral: El curso 6º está dedicado casi en su totalidad a las materias de pastoral.

Para ser alumno oficial del ITSF se requiere haber concluido los estudios exigidos para el ingreso en la Universidad española:

• Bachillerato LOGSE con Selectividad.
• COU, con o sin Selectividad.
• Título universitario o haber cursado algún curso en la Universidad.
• Pruebas de Acceso para Mayores de 25 años (realizadas en la Universidad Pontificia de Salamanca)
• Ciclos formativos GS. Vale desde cualquier grado, ya que los estudios teológicos no están sometidos a norma de correspondencia.
• Estudios extranjeros homologables (consultar casos).

Con estas condiciones los alumnos que superan el Examen global de Grado son Bachilleres en Teología (graduados en Estudios Eclesiásticos).

Los alumnos que no tengan ninguna de las condiciones anteriores pueden realizar los estudios en régimen seminarístico.

1. Las Tasas y las matrículas serán reguladas por la Junta de Gobierno.
2. La matrícula y el pago de las tasas se realizarán en las fechas establecidas, de acuerdo con el Art. 27.1.2 de los Estatutos. El pago de las tasas se podrá hacer de una vez, al hacer la inscripción de la matrícula, o en dos plazos: el primero al matricularse y el segundo en febrero.
3. Todos los alumnos, independientemente de que soliciten Beca o no, para poder matricularse deberán abonar  por lo menos el primer plazo al hacer la inscripción de matrícula.
4. Ningún alumno podrá presentarse a examen de una asignatura sin haber abonado la matrícula de la misma.
5. Los alumnos que soliciten Beca podrán pagar las tasas del segundo plazo cuando hayan obtenido la resolución de la solicitud presentada.

Los que deseen convalidar estudios por los equivalentes realizados en otros Centros deberán presentar la solicitud correspondiente en Secretaría acompañándola de la Certificación académica personal en la que consten las asignaturas aprobadas, la calificación obtenida en cada una de ellas, los programas de las asignaturas que se quiere convalidar y los créditos asignados.

La incorporación de Profesores al ITSF se rige por lo establecido en los Arts. 21-27 del Estatuto del Profesorado de los Nuevos Estatutos.

Los alumnos del ITSF son alumnos oficiales con opción a Grado y oficiales sin opción a Grado.

1. Son alumnos oficiales con opción a Grado los que, reuniendo las condiciones establecidas para la matriculación universitaria, son seminaristas que siguen totalmente los estudios del Ciclo Institucional, sometiéndose a las pruebas y exámenes, con opción a obtener el correspondiente título de Bachiller en Teología. Estos son alumnos de la Facultad de Teología de la Universidad Pontificia de Salamanca.
2. Son alumnos oficiales sin opción a Grado, los seminaristas que, no reúnen las condiciones establecidas para la matriculación universitaria y por tanto no pueden optar al título de Bachiller en Teología, y se someten a las pruebas y exámenes, siguiendo totalmente los estudios del Ciclo Institucional, como los alumnos oficiales de los que habla el apartado 1.

A todos los alumnos les asiste el derecho de participar activamente en la marcha del Instituto, de presentar sugerencias y formular quejas ante las autoridades del mismo, al tiempo que están obligados a observar una conducta que facilite la actividad docente y la convivencia en el Instituto.

La asistencia a clase es obligatoria, tal como establece el Art. 32.2. El alumno pierde la escolaridad en caso de no asistencia, aún justificada, a una cuarta parte de las clases, salvo casos excepcionales que deberá juzgar la Junta de Gobierno.

Como casos excepcionales se pueden señalar:

1. Los alumnos procedentes de Facultades o Centros Superiores de Teología, cuando la materia o materias no cursadas, no pueden cursarlas en el ITSF en los cursos que le faltan para terminar el Ciclo Institucional, porque no se explican en ese curso académico, ni en el siguiente, o por incompatibilidad de horarios.
2. Los alumnos que, por enfermedad grave personal o de familiares próximos, o acontecimientos semejantes no han podido seguir el ritmo normal del curso.
3. Otros casos no previstos, y de los cuales juzgará la Junta de Gobierno.
4. Todos los casos, normalmente, deberán presentarse en la Secretaría General, al comienzo del curso, para que la Junta de Gobierno, vea si procede conceder dispensa total o parcial de la escolaridad.
5. La Secretaría General comunicará por escrito, al profesor y al alumno la dispensa de escolaridad concedida por la Junta de Gobierno.

Aunque es un elemento a tener en cuenta en la calificación final, la sola asistencia a clase no basta en ningún caso como criterio de evaluación.

Todas las asignaturas están sujetas a pruebas o exámenes que puedan demostrar en los alumnos un dominio suficiente de las correspondientes materias. En concreto, al margen de las actividades realizadas durante el curso, la evaluación incluye siempre una prueba final: oral o escrita.

Para aprobar cada asignatura, los alumnos disponen de cuatro convocatorias: una ordinaria, que tiene lugar en febrero o en junio según el calendario escolar; otras extraordinarias en septiembre o febrero. Para casos excepcionales, el Director de Estudios puede conceder otras dos convocatorias.

Al establecerse estas exigencias, el Instituto actúa en consonancia con el derecho de la comunidad social a esperar una adecuada preparación en quienes serán un día sus educadores en la fe.

Los exámenes finales de cada materia se efectuarán en el plazo previsto por la Junta de Gobierno y según el Calendario Académico aprobado:

• Febrero: Exámenes finales de las materias semestrales y exámenes extraordinarios.
• Junio: Exámenes finales de las asignaturas del segundo semestre. Exámenes de Grado.
• Septiembre: Exámenes extraordinarios de las materias no aprobadas en las convocatorias de febrero o junio.

No podrá presentarse a exámenes ningún alumno que haya perdido la escolaridad, así como tampoco quien no haya satisfecho las tasas de matrícula y los derechos de exámenes correspondientes.

Las calificaciones que se conceden en las pruebas son:

• Sobresaliente: 9-10
• Notable: 7-8
• Aprobado: 5-6
• Suspenso: 0-4

Puede concederse una matrícula de honor por cada 20 alumnos matriculados (o fracción), siendo necesario haber obtenido la calificación de 10 y haber demostrado dominio de la asignatura. Esta calificación da derecho a una reducción de las tasas académicas a la hora de formalizar la matrícula del curso siguiente.

La solicitud de baja académica debe ser presentada en Secretaría, como mínimo, un mes antes de la fecha programada para los exámenes. La baja total o parcial no da derecho, sin embargo, a la devolución de las tasas.

La baja total o parcial evita que corran convocatorias, de las que, según los Estatutos del Centro, se permiten para poder aprobar una asignatura.

• Derechos de docencia: 580 €
• Asignatura suelta: primer crédito: 25 €
• Cada crédito restante: 18 €
• Oyentes: un tercio del crédito.
• Derecho a examen extraordinario: cada asignatura 25 €
• Derecho a examen final de Bachillerato: 110 €
• Matrícula de Honor: reducción: 45 €
• Título de Bachiller: 250 €
• Compulsa de Documentos: 5 €
• Certificado de Estudios completo: 40 €
• Certificado de Estudios parcial: 25 €
• Otros Certificados: 8 €