El miércoles 19 de agosto D. Sancho Dávila, acompañado de todos los comisarios encargados de la fundación, tanto del Cabildo como del Clero y de la Ciudad, y de otros muchos vecinos, fue desde la Catedral para celebrar la misa en el lugar donde comenzarán a residir los primeros seminaristas fulgentinos: 12 (4 de Murcia, 2 de Cartagena, 2 de Lorca y 1 de Villena, Chinchilla, Hellín y Jorquera). El día 23 de octubre de 1592 comenzará la vida ordinaria del Seminario.

Una vez puesto en marcha, las primeras Constituciones del Colegio Seminario de San Fulgencio fueron dadas por D. Sancho Dávila en 1600 y estuvieron vigentes poco más de un siglo. El proceso para la obtención de la aprobación pontificia de la erección del Seminario fue largo. Se inició en 1595 y el día 7 de enero de 1614 Pablo V emitió la Bula de aprobación de la erección del Seminario de San Fulgencio.

Desde sus inicios, fue centro de estudios no sólo eclesiástico y teológico, sino también jurídico y filosófico. Las Constituciones otorgadas por el Cardenal Luis Antonio de Belluga y Moncada (1705 – 1724) en 1707 al “Colegio Seminario del Señor San Fulgencio” permiten comprender la vida del centro en todos sus pormenores; además de constituir dos Cátedras – una de Derecho Civil y otra de Derecho Canónico – dispuso que los fulgentinos pudieran estudiar en otras instituciones o Colegios Superiores de la ciudad, como jesuitas o dominicos.

A lo largo del siglo XVIII adquiere un notable esplendor en número de alumnos, en calidad educativa y en grados académicos conferidos. Gran brillantez conoció el Seminario en época del obispo Rojas Contreras (1752 – 1772) que reorganizó los estudios. Durante su episcopado se termina la construcción del edificio del Seminario de San Fulgencio y se levantan el Colegio de San Leandro y el Colegio de Teólogos de San Isidoro.

Durante el siglo XIX, el Seminario Conciliar San Fulgencio vivió los avatares de este tiempo complejo especialmente por la cuestión religiosa. Momentos de decadencia y de esplendor. En 1803, el obispo Victoriano López Gonzalo (1789 – 1805) da unos nuevos Estatutos para el Seminario Conciliar de San Fulgencio de Murcia. Se reorganiza la Biblioteca. Se intensifica la tarea docente, se suprimen muchas fiestas y la vida en el seminario gira en torno a tres ejes: “formación religiosa, eficacia docente y vigorización de la disciplina”. Este rigor provocó malestar y alguna revuelta especialmente entre los alumnos seglares externos.

Durante la revolución de 1868, el Seminario, estuvo 10 años cerrado, fue prisión y cuartel.

En 1885 el Obispo Tomás Bryan Livermore (1885-1902) dará unas nuevas Constituciones del Seminario de San Fulgencio.

Durante el siglo XX podemos distinguir cuatro etapas significativas para el seminario fulgentino.

El primer periodo, antes de la Guerra Civil, que conoce un rectorado de casi treinta años por parte de D. José María Molina Molina (1908 – 1936). Los seminarios españoles reciben durante los años 1933 a 1934, una visita apostólica. A las Provincias Eclesiásticas de Granada, Sevilla y Valencia, la realizaría el Reverendo Marcelino Olaechea, S.D.B. Sobre el estado del Seminario Conciliar de San Fulgencio dirá: “Es Seminario mayor y menor (en aquel momento había 113 seminaristas). Aunque se adoptan buenas normas para la separación de mayores y menores, no se logra por entero ni en la capilla, ni en el estudio, ni en el comedor, ni en el paseo; por la estrechez e infeliz condición del edificio”. “Urgía – en palabras del visitador – buscar otro edificio”, el cual proponía “dividir el Seminario, mandando a los del menor al colegio de Vocaciones de San José (que se presta muy bien a ello) o estudiar la traslación del Seminario al convento de San Jerónimo…”. También, a la hora de referirse al colegio de Vocaciones de San José, advierte que “conviene separar el Seminario mayor del menor, convirtiendo en menor el colegio de Vocaciones de San José”. El día 11 de julio de 1936, el Obispo de Cartagena D. Miguel de los Santos Díaz y Gómara (1935 – 1949) da el Decreto de Erección del Seminario Menor, convirtiendo el Colegio de vocaciones eclesiásticas de San José, fundado por el Beato Manuel Domingo y Sol en 1888, en Seminario Menor y destinando exclusivamente el histórico edificio del Seminario san Fulgencio para el Seminario Mayor.  Mandato que no se llegó a ejecutar por el inicio inmediato de la Guerra Civil española. Periodo durante el cual quedaron temporalmente suspendidas las funciones formativas y académicas de los Seminarios en España.

El segundo periodo, tras la contienda, ofrece una época de esplendor en número de vocaciones; hasta este momento la dirección del Seminario fue llevada por el clero diocesano. En la posguerra, en un breve periodo de tiempo, los seminaristas estudiaron en Granada, en la Facultad de Teología, hasta la apertura de los Seminarios Mayor y Menor a partir del Decreto dado por el Obispo D. Miguel de los Santos Díaz y Gómara, el día 13 de septiembre de 1941, donde “confirma” el Decreto anterior, dado en 1936 por él mismo, “acomodándolo a aquellas circunstancias”, separando a los seminarists menores de los mayores ambos Seminarios: Fulgentinos y Josefinos serán las dos únicas instituciones diocesanas para la formación del Clero. La diócesis adquirió el edificio del Colegio de Vocaciones Eclesiásticas de San José de Murcia, donde se estableció la sede del Seminario Menor San José y encomendando la dirección de ambos Seminarios a la Hermandad de Sacerdotes Operarios Diocesanos (1941-1961). En 1942, D. Miguel de los Santos Díaz y Gómara, ordena y promulga el Reglamento de los Seminaristas de la diócesis.

El tercer período coincide con la celebración del Concilio Vaticano II y el tiempo posconciliar inmediato. A partir de los años sesenta (1961), la dirección de ambos Seminarios es retomada nuevamente por el clero diocesano. Los obispos de la provincia eclesiástica de Granada decidieron que los futuros sacerdotes estudiaran en la Facultad de Teología de Granada de la Compañía de Jesús. El Seminario san Fulgencio se traslada también junto con los seminarios de otras diócesis y órdenes religiosas a esta ciudad. Durante más de veinte años permanecerá en Granada donde rector y formadores, sacerdotes diocesanos, llevarán a cabo la formación humana, comunitaria, espiritual y pastoral, reservando los grados académicos y la formación propiamente académica a la Facultad de Teología de Granada; durante este periodo, la formación filosófica se realizó en el Estudio Filosófico de Armilla (Granada) de los Padres Dominicos, en la Universidad Pontificia de Comillas, entonces colegio universitario de la Universidad Complutense, o en la Facultad de Filosofía de la Universidad de Granada o también en la Facultad de Filosofía de la Universidad de Murcia. Mientras tanto, el Seminario Menor San José continuaría su marcha normal, funcionando como Colegio de San José, ofreciendo los estudios propios para el acceso al Seminario Mayor o a la Universidad. Tendrá épocas de gran esplendor, hasta las últimas décadas del S. XX donde su número sufre una gran disminución y el Obispo D. Javier Azagra Labiano (1978 – 1998) determina cerrar el internado y potenciar la modalidad de Seminario en Familia (1986). A partir de este momento, la dirección de ambos Seminarios recae en la persona del mismo Rector. A lo largo de estos años, el edificio fundacional del Seminario Conciliar sufre las consecuencias materiales del abandono, sufriendo un importante deterioro.

El cuarto período comienza muy entrados los años 80, cuando el Seminario Mayor San Fulgencio inicia un proceso de retorno a la Diócesis de Cartagena. El histórico edificio del Seminario fue transferido al Ministerio de Educación y Ciencia (1982). El regreso se realizó en varias fases. Fue necesario establecer un edificio específico digno y funcional para acoger a la comunidad del seminario y al Instituto Teológico. Se comenzó la rehabilitación del edificio del Seminario Menor San José para tal fin; entretanto se habilitaba, la comunidad del Seminario Mayor y el Instituto Teológico comenzaron sus primeros pasos en el Monasterio de los Jerónimos de Guadalupe. Al mismo tiempo, se preparó la formación de los futuros profesores que estudiaron en diversas universidades en Alemania y en Roma. Se dedicó una especial atención a la pastoral vocacional. También se propició la afiliación a la Facultad de Teología de la Universidad Pontificia de Salamanca, concediéndose ad quinquenium experimente gratia el 21 de julio de 1988 por la Congregación para la Educación Católica. El edificio del Seminario Menor de San José se rehabilitó completamente para albergar primero el Centro de Estudios del recién iniciado Instituto Teológico San Fulgencio y posteriormente para acoger a la comunidad del Seminario Mayor.

En septiembre de 2011 el Seminario Mayor San Fulgencio inició la colaboración con distintas diócesis que confiaron la formación de sus seminaristas: Guadix (2011) y Almería (2021), y también comenzó una colaboración con las diócesis de Idiofa (República Democrática del Congo) y Onitsha (Nigeria). 

El funcionamiento del Seminario Menor durante los últimos treinta años fue en la modalidad en Familia, que ha dado abundantes frutos para el Seminario Mayor. D. José Manuel Lorca Planes, obispo actual de la Diócesis, decide iniciar una nueva etapa en el Seminario Menor proponiendo la reapertura de la modalidad de internado, como herramienta eficaz para el acompañamiento humano, cristiano y vocacional de los adolescentes y jóvenes que sienten a edades tempranas la llamada del Señor. En el curso 2013 – 2014 se inicia el internado viviendo en las dependencias del Seminario Mayor, en una zona independiente y acondicionada para tal fin, y con un régimen de vida al margen del Seminario Mayor.

El noviembre de 2015, la diócesis adquiere un edificio de las religiosas de Jesús María en Santomera (Murcia) para habilitarlo como sede del Seminario Menor San José. El proyecto es bendecido por el Nuncio de Su Santidad en España Mons. Renzo Fratini, el día 14 de febrero de 2016, utilizándose sus instalaciones para convivencias, encuentros y retiros, hasta que se acondicione el edificio para la vida ordinaria de los seminaristas menores. En agosto de 2017 se inician las obras de rehabilitación del nuevo edificio que será inaugurado el día 19 de marzo de 2018 y dedicada su capilla.

El Seminario Conciliar san Fulgencio es uno de los 20 erigidos en España en el S. XVI.  Desde entonces, que ha dado muchos frutos a lo largo de la historia, no solamente centenares de sacerdotes, pastores que han cuidado y alimentado al pueblo santo de Dios, entre ellos numerosos obispos y misioneros, sino también grandes personalidades que han influido en el crecimiento de la sociedad civil, tanto en el ámbito regional como en el nacional. Fue embrión de la futura Universidad de Murcia. Esta andadura de formación sacerdotal, a lo largo de los siglos, ha sido refrendada con la sangre del martirio y con la estela de la santidad de muchos sacerdotes que se formaron en este seminario.

En las tres últimas décadas, el Seminario se ha ido progresivamente consolidando en su proyecto de formación, de acuerdo con lo establecido en la normativa canónica y en los documentos del Magisterio de modo particular con: la Ratio Fundamentalis Institutionis Sacerdotalis y el plan de formación sacerdotal de la Conferencia Episcopal Española Formar Pastores Misioneros. El Señor ha querido bendecirnos de una manera muy especial con numerosas vocaciones que han ido madurando, muchas de ellas desde el Seminario Menor.